分院下设4个研究室和一个中心：

一、纳米高效农业应用研究室

纳米高效农业应用研究室依托甘肃省微生物资源开发利用重点实验室（甘肃省科学院生物研究所）、甘肃省科学院纳米应用技术研究室和甘肃省科学院白银分院的科研平台，围绕农业减肥增效和绿色发展的理念，突破传统肥料的施用效应障碍和吸收作用机制，开展新型增值纳米微肥和纳米大量肥等新产品的研制与产业化应用研究，并对纳米肥作物环境效应评价及作用机制研究，为完善高产——培肥——环境保护相互协调的精准施肥理论和技术、建立纳米肥高效高产清洁农业生产技术创新和集成模式提供支撑。

二、纳米硅太阳能应用技术研究室

纳米硅太阳能应用技术研究室依托甘肃省科学院纳米应用技术研究室和甘肃省科学院白银分院的科研建设平台建设。研究室结合甘肃省加快发展核产业、有序发展风电、多元发展光电、规范水电开发、有序发展地热能和生物质能，建立风、光、水、火、核“五位一体”的绿色能源发展体系以及甘肃省人民政府办公厅于2018年6、7月印发的《甘肃省清洁能源产业发展专项行动计划》、《甘肃省光伏扶贫实施细则》中关于发展光伏能源重点任务，拟通过宏量制备的硅纳米颗粒在硅基太阳能电池方面的应用开展应用研究。开发出工艺简单、能量产、可直接应用的纳米硅涂层，提升硅太阳能电池效率，极大地推动硅纳米粒子在硅基太阳能电池方面产业化的快速发展。

三、表面工程应用研究室

表面工程应用研究室依托甘肃省科学院纳米技术应用技术研究室和甘肃省科学院白银分院的科研平台建设。研究室结合甘肃省集重型装备、先进制造业、新能源、汽车配件制造业、新材料开发等传统制造业的经济特色以及2018年7月甘肃省人民政府办公厅印发关于《甘肃省先进制造产业发展专项行动计划的通知》中发展新能源汽车及其相关的工业，新材料产业及高端结构材料、新技术的重点任务，拟通过需求调研、方案论证以及产品试加工等多种方式，针对省内重型装备、先进制造业、新能源、汽车配件制造业、新材料开发等相关企业存在的关键机械零部件产品的技术含量不高、市场竞争力不强问题，推广新型表面工程技术应用至关键零部件产品的性能和质量、延长工程机械产品的寿命、提高工程机械产品的可靠性，提高产品附加值和市场竞争力。

四、纳米超级合金研究室

纳米超级合金研究室依托甘肃省科学院纳米应用技术研究室和甘肃省科学院白银分院的科研平台组建而成。研究室围绕纳米制备技术在新型纳米超级合金制备与应用方面展开研究。利用甘肃省科学院纳米应用技术研究室先进制备技术和理念，突破合金制造传统工艺的局限，开展纳米材料提高磁性及硬质合金产品性能的应用研究及产业化推广。

五、分子育种与生物超算中心

分子育种与生物超算中心依托于甘肃省科学院白银分院李国良科研团队创新性开发研究成果：DNA Parse生物信息超级计算操作系统，以极低的算力成本和简易操作、高性能的并行计算系统，为国内外生物、医学与农业领域科研院所或育种单位提供大样本并行的生物信息超级计算技术服务及全系统解决方案。